一般的に、ワクチン接種では、副反応による健康被害（病気になったり障害が残ったりすること）が、極めて稀ではあるものの、なくすことができないことから、救済制度が設けられています。
救済制度では、予防接種によって健康被害が生じ、医療機関での治療が必要になったり、障害が残ったりした場合に、予防接種法に基づく救済（医療費・障害年金等の給付）が受けられます。新型コロナワクチンの接種についても、この救済制度が適応されます。
現在の救済制度の内容については、こちらをご参照ください。
【定期接種】
予防接種健康被害救済制度のB類疾病の定期接種として書類を市町村へ提出
※令和5年度までに接種した新型コロナワクチン接種は、引き続き予防接種健康被害救済制度のA類・臨時接種として市町村へ書類を提出となります。